KSeF w aptekach

Od dnia 1 lutego 2026 r. w Polsce zaczyna obowiązywać Krajowy System e-Faktur (KSeF), jako narzędzie do wystawiania i odbierania faktur ustrukturyzowanych. To rozwiązanie obejmuje wszystkie podmioty gospodarcze – w tym apteki – zarówno prowadzone w formie spółek, jak i jednoosobowe działalności gospodarcze. Wdrożenie KSeF oznacza całkowitą zmianę w sposobie dokumentowania transakcji. Dla aptek jest to szczególnie istotne, ponieważ ich działalność wiąże się z częstymi zakupami od hurtowni farmaceutycznych, rozliczeniami z NFZ oraz sprzedażą wyrobów medycznych i leków refundowanych.

Kiedy apteki muszą wdrożyć KSeF?

• Od 1 lutego 2026 r. – obowiązek dotyczy dużych podatników (o wartości sprzedaży za 2024 r. przekraczającej 200 mln zł wraz z podatkiem) – w praktyce dotyczy to dużych sieci aptecznych. Od tego dnia, jednakże każda apteka (niezależnie od uzyskanego obrotu) będzie już musiała pobierać faktury kosztowe wyłącznie z systemu KSeF.
• Od 1 kwietnia 2026 r. – obowiązek obejmuje pozostałych podatników VAT, w praktyce najczęściej jednoosobowe działalności gospodarcze (apteki indywidualne) oraz sieci aptek średniej wielkości.
• Ustawa z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług^[1] (art. 145m) wskazuje także, że od 1 stycznia 2027 r. – obowiązek zostanie rozszerzony na najmniejsze firmy, które dokumentują sprzedaż fakturami o wartości do 10 tys. zł miesięcznie. W sektorze farmaceutycznym de facto każda apteka przekracza ten poziom wielokrotnie, a więc realnie apteki będą objęte obowiązkiem KSeF najpóźniej do 1 kwietnia 2026 r. 

Wybór sposobu korzystania z KSeF

Dostępne są zarówno darmowe, jak i komercyjne narzędzia, tj. programy finansowo-księgowe zintegrowane z KSeF (integracja przez API).

Do bezpłatnych narzędzi Ministerstwa Finansów, dostępnych na stronie ksef.podatki.gov.pl należą:

• Aplikacja Podatnika KSeF (umożliwiająca korzystanie z systemu, zarządzanie uprawnieniami, tokenami i docelowo również certyfikatami KSeF, podgląd faktur oraz pobranie UPO),
• Aplikacja Mobilna KSeF (wystawianie i odbieranie faktur w systemie przy użyciu telefonu, podgląd faktur oraz utworzenie wersji roboczej faktury).

Z KSeF można też korzystać przez e-mikrofirmę dostępną w e-Urzędzie Skarbowym.

Każda apteka powinna indywidualnie przeanalizować swoje potrzeby, skalę działalności i zasoby, a następnie wybrać rozwiązanie najlepiej dostosowane do własnej organizacji. Kluczowe jest nie tylko wdrożenie odpowiedniego narzędzia, ale także zapewnienie bezpieczeństwa danych. Warto korzystać z dostępnych szkoleń oraz wsparcia dostawców oprogramowania.

Rejestracja w systemie KSeF i uwierzytelnienie

Każda apteka musi zarejestrować się w systemie. W przypadku aptek indywidualnych podatnik będący osobą fizyczną ma automatycznie przypisane uprawnienia do korzystania z KSeF o charakterze właścicielskim. Właściciel może autoryzować się i od razu uzyskać dostęp poprzez profil zaufany lub podpis kwalifikowany.

Apteki prowadzone w formie spółek, aby uzyskać dostęp do KSeF, jeżeli nie posiadają pieczęci kwalifikowanej, zobligowane są do złożenia formularza ZWA-FA do urzędu skarbowego i wskazania osoby uprawnionej do korzystania z KSeF (administratora). Kwalifikowana pieczęć elektroniczna to cyfrowe narzędzie (e-pieczęć), zawierająca nazwę, adres i inne dane firmy, przez co pozwala na zalogowanie się w KSeF w taki sam sposób jak osoby fizyczne dysponujące kwalifikowanym podpisem elektronicznym.

Apteki korzystające z komercyjnych narzędzi finansowo-księgowych potrzebują skorzystać z metody uwierzytelniania w postaci tokenu lub certyfikatu KSeF. Umożliwia to integrację i automatyczną komunikację pomiędzy programem do fakturowania a systemem Ministerstwa Finansów. Certyfikat KSeF to rodzaj elektronicznego klucza dostępu do systemu, który jednoznacznie identyfikuje podmiot korzystający z tego systemu. Certyfikat KSeF umożliwia też wystawienie faktur podczas przerwy technicznej lub braku dostępu do Internetu. Tryby szczególne w KSeF (offline, offline24, awaryjny) to przewidziane prawem procedury umożliwiające wystawianie faktur ustrukturyzowanych poza systemem, gdy nie działa on w czasie rzeczywistym. Faktury wystawione w trybie offline muszą być opatrzone kodem QR i dosłane do systemu.

Możliwe jest również połączenie z systemem KSeF za pomocą tokenów, jednak mają one funkcjonować tylko do 31 grudnia 2026 r.

Faktury w KSeF

Faktury w KSeF mają formę ustrukturyzowaną, co powoduje, że każda niezgodna z wzorem faktura jest odrzucana. KSeF weryfikuje zgodność techniczną ze schemą udostępnioną przez Ministerstwo Finansów^[2]. Dlatego ważne jest, aby zadbać o poprawność danych firmowych podczas wysyłania faktur, zawarcie wszystkich niezbędnych danych (dane kontaktowe, numery kont, numer BDO). Należy też zweryfikować, czy KSeF poprawnie przetwarza faktury, tj. przyjmuje plik i nadaje fakturze numer. Istnieje także możliwość wizualizacji faktury po stronie nabywcy.

Z dniem 1 lutego 2026 r. faktura „zyskuje moc prawną” nie w momencie wystawienia (jak poprzednio), ale w momencie przesłania i rejestracji w KSeF – otrzymania unikalnego numeru identyfikacyjnego KSeF, pełniącego funkcję cyfrowego potwierdzenia autentyczności. Wraz z obowiązywaniem KSeF faktury będą udostępniane wyłącznie poprzez ten system, a odbiorca będzie mógł je odebrać po zalogowaniu lub za pomocą własnego programu księgowo-finansowego zintegrowanego z KSeF. Każda wizualizacja faktury oznaczana jest kodem QR mającym na celu ułatwienie jej weryfikacji (poprzez identyfikator KSeF i link do faktury). KSeF nie pozwala na anulowanie faktury po wysłaniu. Możliwa jest natomiast jej korekta poprzez ten system. KSeF archiwizuje wszystkie dokumenty przez 10 lat.

W KSeF będzie też można dodawać ustrukturyzowane załączniki do faktur. Będą one stanowić część piku zgodnego ze schematem Ministerstwa Finansów, a nie osobne pliki takie jak PDF, JPG czy DOCX.

Procedury awaryjne

Tryb awaryjny to rozwiązanie, z którego będzie można skorzystać w przypadku ogłoszonego w BIP Ministerstwa Finansów oraz w oprogramowaniu interfejsowym komunikatu o awarii KSeF. Dzięki temu rozwiązaniu, pomimo zidentyfikowanej usterki systemu, proces wystawiania faktur będzie nadal kontynuowany.

Procedury związane ze stosowaniem trybu awaryjnego określa art. 106nf ustawy o podatku od towarów i usług^[3].

Konsekwencje niewdrożenia KSeF to m.in.:

• sankcje finansowe: do 100% kwoty VAT z faktury wystawionej poza KSeF lub do 18,7% wartości brutto faktury, jeśli dokument nie zawiera VAT (od 1 stycznia 2027 r.^[4]),
• odpowiedzialność karno-skarbowa,
• utrudnienia w odliczaniu VAT,
• problemy w rozliczeniach z kontrahentami.

Podsumowanie

Od 1 lutego 2026 r. KSeF staje się obowiązkowym narzędziem dla farmaceutów. Duże sieci aptek muszą być gotowe od lutego, a mniejsze apteki od kwietnia. Kluczowe kroki to rejestracja w systemie, zapewnienie odpowiedniego uwierzytelnienia, integracja z oprogramowaniem aptecznym oraz przygotowanie procedur awaryjnych. Wdrożenie KSeF to nie tylko obowiązek prawny (obwarowany szeregiem sankcji), ale także szansa na usprawnienie obiegu dokumentów i zwiększenie bezpieczeństwa rozliczeń.