Właściciele aptek uważają, że podczas rozliczania refundacji Narodowy Fundusz Zdrowia nie działał zgodnie z prawem. Farmaceuci zarzucają NFZ świadome wykorzystywanie swej uprzywilejowanej pozycji podczas rozporządzania środkami publicznymi na finansowanie opieki zdrowotnej.
Sprawa dotyczy odmawiania przez NFZ aptekom wypłaty części bieżących refundacji w związku z nieprawidłowościami w wypisywaniu recept przez lekarzy za okresy wcześniejsze. Apteki co jakiś czas (nie częściej jednak niż raz na dwa tygodnie) przedstawiają Narodowemu Funduszowi Zdrowia wykaz medykamentów refundowanych wydanych pacjentom bezpłatnie, bądź za częściową opłatą. Na tej podstawie fundusz wypłaca placówkom refundację.
W przypadku zastrzeżeń odnośnie rzetelności wykonanej dokumentacji, może wydłużyć termin wypłaty, do czasu przygotowania przez aptekę szczegółowych danych. Farmaceuci apelują, by NFZ nie odbierał im uznaniowo należnych refundacji. Postanowili wystąpić w tej sprawie o pomoc do rzecznika praw obywatelskich.